Neuronas Dra. Fiedler · segmentación por árbol

Un color por neurona; en gris las neuritas que no pertenecen a ninguna de las neuronas principales. Desliza sobre cada imagen para comparar con el original.

neurona (un color cada una)sin dueñocontorno del soma
  1. Somas: Cellpose-SAM en GPU (Kaggle, T4, ~3 min las 4 imágenes). Se queda solo con somas macizos y brillantes en la marca dendrítica: descarta la glía (núcleo sin MAP2) y los huecos oscuros de la red que Cellpose confunde con células.
  2. Neuritas: tubularidad de Sato multiescala, escalada por el tamaño del soma (sirve igual a 10x, 40x y 63x) → umbral con histéresis → esqueleto → grafo de ramas.
  3. Cruces: los nodos cercanos se fusionan; en un cruce en X las ramas colineales se emparejan (la neurita sigue de largo, no se ramifica). Si se llega de costado a una neurita que pasa de largo y no es más delgada (contacto en T), el árbol se detiene ahí.
  4. Dueños: todas las neuronas crecen a la vez desde sus somas (camino de menor costo). El costo sube con la baja intensidad, los giros, el engrosamiento y el aclaramiento hacia la punta (una dendrita se afina y se apaga al alejarse). Más allá de un alcance proporcional al soma, la rama queda gris.

Imagen 1 · 40x, un canal

La neurona central y su árbol; la red de neuritas ajenas que cruza el campo queda en gris. El soma tenue de abajo no tiene marca dendrítica suficiente y no se toma como neurona.

1neurona
295ramas con dueño
8.685px trazados · 2.692 µm
28 %del esqueleto con dueño
original
segmentación

Imagen 2 · 10x, campo con ~100 neuronas

Cada neurona con su color. A este aumento las dendritas miden 1–2 px: se asigna el árbol proximal y lo ambiguo queda en gris.

94neuronas
1.944ramas con dueño
25.152px trazados
51 %del esqueleto con dueño
original
segmentación

Imagen 3 · 63x, MAP2 + DAPI

El núcleo DAPI de abajo a la derecha no tiene MAP2 (glía) y se descarta. Las dendritas de vecinas en los bordes quedan en gris.

1neurona
32ramas con dueño
3.381px trazados
56 %del esqueleto con dueño
original
segmentación

Imagen 4 · 63x, MAP2 + DAPI

La dendrita gruesa del borde izquierdo es de otra neurona: entra de costado y se corta como contacto en T.

1neurona
34ramas con dueño
3.297px trazados
61 %del esqueleto con dueño
original
segmentación